正置熒光顯微鏡利用紫外線作為光源照射物體發出熒光，然后在顯微鏡下觀察物體的形狀和位置。用于研究細胞內物質、的吸收以及、化學物質的分布和定位。細胞中的一些物質，如葉綠素，經紫外線照射后會發出熒光；其他物質本身不能發熒光，但用熒光染料或熒光抗體染色，經紫外線照射后可以發熒光。直接熒光顯微鏡是這些物質定性和定量研究的工具之一。
正置熒光顯微鏡的濾色系統
彩色濾光片系統是熒光顯微鏡的重要組成部分，由激發濾光片和壓制濾光片組成。濾板的型號和每個顯微鏡廠家的名稱往往不一樣。濾板通常以基本色調命名，前字母代表色調，后字母代表玻璃，數字代表型號特征。比如德國產品(Schott)BG12是一種藍色玻璃，B是藍色的**個字母，G是玻璃的**個字母；中國的產品名稱已經統一用拼音字母表示。比如相當于BG12的藍色濾板命名為QB24，Q是青色(藍色)拼音的**個字母，B是玻璃拼音的**個字母。但是有些濾板也可以用透射邊界濾光片長度來命名，比如K530，就是530nm以下的光被抑制，530nm以上的光被透射。其他顯微鏡廠家的濾板完全是用數字命名的，比如美國康寧工廠的NO:5-58，相當于BG12。
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